Анализ митохондриальной ДНК применяют, если появилась необходимость определить родственные связи между двумя женщинами или между женщиной и мужчиной. Анализ митохондриальной ДНК проводится только по линии матери, но в экспертизе могут участвовать все ее дети: сыновья, дочери, внуки. Это связано с тем, что если У-хромосома передается исключительно от отца к сыну, то митохондрия передается от матери к каждому рожденному от нее ребенку. Но есть еще одна особенность. Не смотря на то, что сын от матери получает митохондрию, он не может ее в последствии передать своим детям. Она будет передаваться только от дочерей к внукам через сотни и тысячи поколений. Поэтому, используя анализ митохондриальной ДНК можно с легкость установить даже самые дальние родственные связи.
Экспертиза митохондриальной ДНК дает возможность определить индивидуальные особенности митохондрий, выявить мутации, сравнить их структуры и привести их к установленному стандарту КСН, который и поможет выявит есть ли родственная связь между биологическими образцами, которые исследовались.
Исследование проводят в два этапа. На первом этапе изучают биологические образцы, которые предоставлены для исследования, а на втором сравнивают их между собой, чтобы выявить процент совпадений или различий между ними. Исследуя митохондриальную ДНК, выявляется генетическая особенность, которая характерна для людей, у которых одна "прародительница".
Митохондриальная ДНК состоит из двух участков, которые имеют название HVR-1 и HVR-2 с ярко выраженным разнообразием. Именно гипервариабельность дает возможность проанализировать структуры вышеуказанных областей и приравнять их к общепринятому стандарту КСН. Полученный результат и будет выводом о том, подлинно ли родство между исследуемыми образцами генетического материала.