Вирус гепатита С (ВГС) обладает наибольшей вариабельностью среди всех возбудителей вирусных гепатитов и благодаря высокой мутационной активности способен избегать воздействия защитных механизмов иммунной системы. Геномы вируса значительно отличаются в разных странах мира и имеют различную чувствительность к препаратам интерферонов. Согласно современным рекомендациям генотипирование ВГС должно проводиться всем пациентам до начала противовирусной терапии.
На сегодняшний день установлено наличие одиннадцати основных генотипов, дополнительно подразделяющихся на подтипы (классификации Simmonds). Для клинической практики вполне достаточно разграничивать первые шесть генотипов. Наиболее распространен в мире генотип 1 (40-80 %). 1а тип часто выявляется в США, 1b характерен для Западной Европы и Южной Азии. Генотип 2 встречается с частотой 10-40 %. Генотип 3 распространен в Шотландии, Австралии, Индии и Пакистане. ВГС 4 типа характерен для Средней Азии и Северной Африки, генотип 5 – для Южной Африки, 6 – для некоторых стран Азии. В России преобладает генотип 1b, далее с убывающей частотой - 3, 1a, 2, в США – 1a/1b, 2b, и 3a.
От генотипа ВГС зависит тактика терапии и ее эффективность. Гепатит С, вызванный вирусом генотипов 1 и 4, является наиболее неблагоприятным в отношении прогноза эффективности лечения, высокий риск хронизации инфекции и развития тяжелых осложнений. Лица, инфицированные ВГС 2 и 3 генотипами, имеют менее тяжёлое течение заболевания, более низкий уровень виремии (концентрации вируса в крови) и существенно лучше реагируют на традиционную противовирусную терапию, чем больные, заражённые вирусом 1а или 1b генотипа. Генотипы 2 и 3 хорошо поддаются терапии в 80 % случаев.
Согласно данным проведенных клинических исследований, у пациентов с 1 и 6 генотипом в среднем имеется более высокий базовый уровень РНК вируса гепатита С, по сравнению с лицами со 2 или 3 генотипом. Больные с 6 генотипом не демонстрируют значимых различий в отношении индивидуальных факторов хозяина, включая возраст, историю употребления алкоголя, инфицированность гепатитом В и т.д., имеют аналогичные лабораторные показатели и гистологическую картину печени по сравнению с пациентами, у которых выявлены другие генотипы гепатита С, но по сравнению с заражёнными вирусом 1 генотипа, эта категория больных лучше поддаётся противовирусной терапии.